土壤肥料研究所成立于1978年。现有职工45人，其中高级职称24人，省百千万人才3人，国家现代农业产业技术体系岗位科学家1人。

       建有农业部福建耕地保育科学观测实验站、闽侯农田生态系统福建野外科学观测研究站、福建省地力培育工程技术研究中心、福建省生物肥料检测中心等省部级创新平台4个。

       主要从事农业土地资源利用与管理，农业环境与生态保护，土壤改良与质量评价、规划整理，植物营养与精准养分管理，新型肥料，食（药）用菌育种、栽培及深加工，农业微生物等领域研究，承担全省绿色食品生产基地环境监测和农业环境质量评价工作，开展产品监制、技术咨询以及土壤肥料化验、农产品品质测试、微生物检测等服务。

       建所以来，共取得国家级成果7项，省部级成果76项，国家发明专利72项，实用新型专利41项，通过福建省农作物品种审定委员会认定品种6个，制定地方标准5项。研发出珍稀食（药）用菌菌种、药用菌发酵茶、有机固体废弃物腐解剂、微生态调节剂、生物肥料、新型肥料等多个科技产品。